闽台商会组织交往始之于上世纪八十年代中期，自一九八七年台湾有限度地开放民众赴大陆探亲之后，台湾工商界人士纷纷组团访问祖国大陆，并与福建商会有了初步接触。台湾有影响的工商社团如台湾工业总会和各类同业公会、区域商会、青商会等都把拜会福建省商会当成来大陆考察的一项重要内容，厦门总商会曾经一年接待上百个台湾工商社团。

　　一九九七年，福建省工商联首次组团赴台进行经贸考察，福建省商会拓展两岸民间商会的往来，增进闽台经贸合作方面的作用日益显现。台湾工商社团受福建省各级工商联(商会)邀请，纷纷组团来闽寻找商机。如第八届“九·八”中国投资贸易洽谈会，共有二十多家台湾百强企业和二十二个台湾重要的工商业协会组团参会；第六届漳州“花博会”，不仅有台湾兰花产销发展协会、台湾精致农业园艺联谊会、中华花艺设计协会等三家行业协会参会与联办，而且有来自大陆各地三十九个台资企业协会的负责人组织参会，规模空前。

　　二00四年十二月，全国工商联五金商会、台湾五金商业同业公会、台湾手工具工业同业公会、香港五金商业总会、泉州市政府共同主办了首届海峡两岸五金机电交易会，经国家商务部批准，“海峡两岸五金机电交易会”将每两年在泉州举办一次。此外，台湾纺织服装的几大同业公会连续多年作为石狮“海博会”的主办单位，并组成强大的参展团、观摩团参加。台湾机电电子工业同业公会曾参与主办厦门的“台交会”，这几大展览已成为推动海峡两岸经贸交流的有效载体，商会已成为推动两岸民间往来、增强经贸合作的重要参与者。

　　与此同时，福建省工商联(商会)积极组织企业家团组赴台考察交流，与台湾工商社团、行业协会组织广泛接触，建立了友好合作关系，促成了一批企业从台湾引进项目、技术和装备，并拓展了闽货在台市场。二00一年晋江市总商会首开福建省企业到金门办商展的先河，组织了一百六十八位企业家到金门县举办晋江名特优产品展销会，带去的展品销售一空。二00二年九月十六日，福州马尾经贸文化交流联谊会与台置连江县商业会签署了包括建宾馆、办学校设商城、搞展销等五项重要合作协议，从而拉开了“两门”、“两马”民间直接贸易交流的序幕。

　　今年来，闽台商会组织往来更为密切。今年四月七日，台湾高雄市中小企业协会与厦门总商会签订合作框架协议并建立厦门联络处；七月二十五日，厦门总商会与台中市商业总会签署了厦门、台中两地间的合作框架协议书，并为台中市商业总会厦门联络处揭牌。闽台商会组织长期合作机制的建立，将促进闽台经贸合作更加紧密。