当出口退税一度成为中央财政的沉重负担，并达到了2400多亿元的拖欠高峰时，中国财税体制框架下的出口退税支付机制所存在的问题和矛盾也凸显出来。

　　欠税达到2000多亿元的高点时，04年进行的出口退税政策改革是出口退税局面的一个分水岭：不再遵循全额退还的原则，而是对不同产品实行区别对待，如对国家鼓励出口的产品实行较高退税率，对国家限制出口的产品实行较低退税率甚至取消出口退税。平均计算，出口退税率从之前的15%下调了3个百分点左右。

　　同时，谁征收谁退还的原则也被强调并重视起来，实行由中央财政和地方财政共同负担出口退税的新机制。以2003年底出口退税的实际退税指标为基数，基数内仍由中央财政全额负担，超基数部分则由中央和地方按75∶25的比例共同分担。

　　由于出口退税额由中央与地方分担，中央财政的压力有所减轻，用于出口退税的款项也大大增加。虽然出口退税率降低了，但因为能够及时得到退税款，企业的经营情况反而转好。“毕竟以前拿不到退税的时候，企业只能去贷款，而贷款是要付利息的，国家拖欠了出口退税却不付利息。”季铸评价说。

　　随着地方政府开始介入了出口退税，矛盾又开始出现了：由于增值税是在生产加工地征收，退税却发生在出口地，对于那些产业链比较长的产品，就出现了征税和退税主体不一的情况。

　　“沿海地区出口额大，需要承担的退税也比较多，但增值税的征收方面却没有相应增加，地方政府自然不高兴。”李全说。于是，有些地区因此而限制出口企业到外地采购产品，甚至限制成立出口企业，出现了市场分割和地方保护主义。

　　改革再次进行，自2005年1月1日起，国务院批准核定的各地出口退税基数不变，超出基数的部分，中央与地方按照92.5∶7.5的比例共同负担。其中，各省(区、市)可根据实际情况，自行制定省以下出口退税分担办法，但不得将出口退税负担分解到乡镇和企业，不得采取限制外购产品出口等干预外贸正常发展的措施。

　　李全评价说：“这次改革进展总体顺利，基本还清了历年累计拖欠的出口退税款，建立了中央与地方共同负担出口退税的机制。”但是，新问题也很快暴露出来：部分地区负担较重，个别地方政府甚至限制外购产品出口、限制引进出口型外资项目等问题。

　　由于各省自行制定出口退税分担办法，各地的分担情况也有所不同。如《青海省人民政府贯彻国务院关于改革现行出口退税机制决定的意见》中就规定：“对出口超基数中外贸企业组织省外产品出口的部分，我省财政不予退税”；有的县市为了减轻负担，有意地控制外贸企业出口规模，不鼓励企业收购外地货源出口，甚至对于从外部地区收购来的出口商品不给予退税。

　　从地方政府的实际利益出发，是支持企业做出口贸易的，可是要从地方政府的口袋里掏出出口退税的支出，却不容易。李全透露，也有一些出口大省，已经表示愿意将所有商品的增值税变为中央税种上交给中央财政，条件是中央财政需全额负担出口退税。

　　有省级财政主动承担出口退税的，有以各种理由拒绝出口退税的，各地方政府出口退税政策细节上差异，企业自然又要开始寻找最方便最优惠政策。“可以说很多问题还无法从机制上得到彻底解决，恐怕还需要通过整体税制改革的进一步拓展来实现。”李全说。